Theo Jiraiya (1 trong tam nin huyền thoại) kể lại, Minato từ nhỏ đã được xem như thiên tài và là 1 trong số những người kiệt xuất hiếm hoi của thế hệ trẻ bấy giờ. Anh tốt nghiệp học viện ninja khi chỉ mới 10 tuổi, đạt số điểm cao nhất lịch sử, sau đó được chọn vào nhóm Genin dưới sự dẫn dắt của Jiraiya. Jiraiya đặc biệt quan tâm đến Minato, xem Minato như người kế nghiệp và là "Đứa trẻ tiên tri" mà ông luôn tìm kiếm. Ông đã truyền dạy cho Minato rất nhiều tuyệt kỹ của mình, điển hình là Triệu hồi chi Thuật.

Trong hồi ức của Uzumaki Kushina - vợ Minato, hồi nhỏ anh là 1 cậu bé đẹp trai, hiền lành nhưng trong mắt cô lại quá "ẻo lả" và "nữ tính", chỉ như một chàng công tử bột. Hai vợ chồng gặp nhau lần đầu tiên khi Kushina chuyển từ làng Xoáy Nước sang làng Lá, làm học sinh học viện ninja tại đây. Vì muốn gây ấn tượng với những thành viên trong lớp, Kushina đã tuyên bố rằng cô sẽ trở thành nữ Hokage đầu tiên của làng. Học sinh trong lớp lập tức xầm xì, cười nhạo cô và chê bai mái tóc đỏ rất dài của cô (tóc đỏ vốn là đặc trưng của gia tộc Uzumaki). Chỉ có Minato là mỉm cười, đứng dậy nói với Kushina: "Tớ muốn trở thành một Hokage tốt, được mọi người công nhận." Lúc đó, Kushina cho rằng Minato không bao giờ có thể trở thành Hokage được và cô có vẻ coi thường cậu bé này. Một vài năm sau, do được cậu Minato này giải cứu khỏi vụ bắt cóc của ninja làng Sương mù, Kushina đã phải lòng anh. Minato thổ lộ rằng anh đã để ý tới "mái tóc đỏ xinh đẹp và dài ấy " của cô ngay từ lần đầu gặp nhau, nhưng trước đó anh thường giả vờ ngó lơ cô, ngay cả khi cô bị bắt nạt, vì anh biết cô ấy rất mạnh mẽ.

Khi trưởng thành và làm thầy giáo cho học viện ninja của làng Lá, Minato nhận trách nhiệm hướng dẫn Hatake Kakashi, Nohara Rin và Uchiha Obito. Nhiều năm sau, Hatake Kakashi lại làm thầy giáo cho con trai của Minato là Uzumaki Naruto.